JR mengoperasikan salah satu jenis kereta api tercepat di dunia, yakni jenis kereta api shinkansen (yang secara harfiah berarti lin utama yang baru). Shinkansen dioperasikan pertama kalinya pada tanggal 1 Oktober 1964 untuk jurusan Tokyo-Osaka sepanjang 552,6 km, yang yang dapat ditempuh dalam waktu 3 jam 10 menit. Kemudian pada tanggal 10 Maret 1975, dibuka lin baru untuk jurusan Osaka-Hakata dipulau Kyusu.

Jarak antara Tokyo-Hakata yang menghubungkan dengan kota-kota yang terletak di bagian selatan Jepang, adanya juga jalur utara yaitu jalur yang menghubungkan Tokyo dengan kota-kota di Jepang Barat Laut dan Jepang Timur Laut. Kereta api Tohoku Shinkansen menghubungkan Tokyo dengan kota Marioka (sebuah kota di Jepang Timur Laut) sejauh 496 km, sedangkan kereta api Joetsu Shinkansen menghubungkan Tokyo dengan kota Niigata sepanjang 270 km. Kareta api Tohoku Shinkansen bulan November 1982.

Terminal akhir untuk jalur Tokyo-Hakata di kawasan Tokyo adalah stasiun Tokyo, sedangkan terminal akhir untuk Joetsu Shinkansen dan Tohoku Shinkansen adalah stasiun Ueno yang terletak empat stasiun dari stasiun Tokyo ke arah utara. Berikut ini adalah destinasi wisata di Jepang yang wajib dikunjungi,

list-shinkansen